益生菌发酵饲料的制作工艺包括以下步骤：

材料准备：选择适合的饲料原料，如玉米麸、大豆麸、鱼粉等，根据需要添加合适的维生素、矿物质等。

原料处理：将原料进行破碎、混合和细磨，以增加菌种附着面积，便于菌种的吸附和生长。

菌种制备：选择合适的益生菌菌种，如乳酸菌、酵母菌等，进行菌种培养。

发酵培养：将菌种与饲料原料进行混合，控制适宜的温度、湿度和pH值，进行发酵培养。通常采用静态培养或液态发酵的方式。

发酵时间控制：根据具体菌种和发酵条件，控制发酵时间，通常为24小时至72小时。

发酵完成：发酵完成后，饲料会有酸味和特殊气味，这是菌种代谢产物的结果。

干燥处理：将发酵后的饲料进行烘干处理，保持其营养成分和质量稳定。

包装储存：将干燥后的饲料进行包装和储存，防止潮湿和变质。

以上是益生菌发酵饲料的制作工艺的一般步骤，具体的工艺流程和参数会因不同的益生菌菌种和饲料原料而有所差异。