中的有益细菌和微生物起的作用就是与有害菌和致病菌相反的。他们净化环境，抑杀有害细菌，并制造有益于环境的微生态环境。比如说，乳酸链球菌就是有益细菌之一，它除了产生乳酸抑制有害菌外，还可产生抗菌素如乳酸链球菌素，既使是难以制服的芽孢杆菌也能抑杀。与此同时，它们还会对这些潲水发酵改性，提高营养价值和饲用价值。

   绝大多数的有害细菌喜欢好氧的环境，即有空气或氧气存在的环境。与之相反，绝大多数的有益细菌喜欢厌氧的环境或者说没有空气的密封环境。这是抑杀有害细菌的机制之一。

   有益细菌不仅喜欢厌氧的环境，同时也能适应有氧的环境，是兼性厌氧菌，在有氧气存在的时候，它们会尽快地消耗氧气，使这个微环境尽快地进入厌氧的状态，同时益生菌发酵饲料也就抑制的有害细菌的生长繁殖，所以说，在用对潲水的发酵处理中，要把物料尽量进行密封，密封发酵才能比较顺利地进行，在密封和无氧的微环境中，有害的细菌绝大多数都无法生长繁殖，从而有害菌也就不能使潲水发臭和产生氨味及酸败等，密封是发酵的先决条件之一。

   厌氧的环境可以抑制有害细菌，这也就是发酵能长久保存饲料的一个原因之一。绝大多数有益细菌喜欢偏酸性的环境，相反，绝大多数的有害细菌喜欢偏碱性的环境。这是中微生物抑杀有害细菌的另外一个机制之一。

   中的有益细菌，不仅是喜欢偏酸性的环境，而且与上面说的会尽快造成厌氧环境一样，它们也会尽快造成一个偏酸性的环境，从而迅速地让有害细菌不能生长繁殖，从而可以长久保存饲料不变质。这就是为什么我们发酵的饲料是酸性的原因，再有，酸性的饲料适口性也更好，动物喜吃。

   这里需要澄清一个事，我们说食物酸败，这里的酸败与有益菌造成的酸性环境有本质的不同，我们常说的食物酸败中的酸，主要是指有害细菌如丁酸菌、丙酸菌所产生的丁酸、丙酸等低链脂肪酸，及醛酸等，这些酸是一种腐败的气味，而乳酸菌等有益菌产生的乳酸、葡萄糖酸、延胡索酸、苹果酸等有机酸是气味良好的酸，这是不同的。

   有害细菌中也有少数菌是耐酸的，如丁酸菌、丙酸菌、它们可在厌氧情况下破坏蛋白质，脱氨产氨臭气，并产丁酸、丙酸等，但它们耐酸的程度不如有益细菌，在发酵潲水等糟渣时，有益细菌产生的有机酸达到1.5%时，丁酸菌和丙酸菌可以完全被抑制，不再生长繁殖和危害饲料，而与此同时，产有机酸达1.5-2.0%时，有益细菌本身也被抑制活动了，不再产酸了，也不会再生长了，所以，发酵产酸不是无限的，达到一定程度后，就不再产酸下去了，这个产酸程度大约就是2%（用液体发酵制作保健液时例外，可达到5%）。至此，这时的PH值大约在4.5到5之间，几乎所有的有害细菌都不能再生长繁殖下去，并且在有益菌的包围和折磨下慢慢死亡，从而有效地保证了饲料的品质。