微生物发酵秸秆饲料的操作工艺可分为厌氧发酵和需氧发酵，固体发酵和液体发酵等。现在开展的微生物发酵秸秆饲料一般是采用厌氧固体发酵，其工艺流程如下：

　　秸秆切碎或揉搓→调节水分→均匀喷洒菌液→装窖、铺平、压实→密封→发酵→饲喂。

　　1、秸秆切碎或揉搓：养猪长度为1-2厘米，这关系到装窖秸秆的铺平、压实的程度，以及减少开窖后发酵秸秆的二次发酵程度；

　　2、调节水分加入秸秆饲料发酵剂或秸秆饲料发酵菌：铺一层秸秆饲料，洒一层秸秆饲料发酵剂，然后调节水分至50%左右，这关系到发酵程度；

　　3、铺平、压实：这两者关系到装窖秸秆的厌氧程度，厌氧状态的维持状况，开窖后容易层层取料、减少有氧发酵；

　　4、密封：可防止在发酵期空气进入，确保发酵质量。